巩留县地处伊犁河谷中部，伊犁河上游南侧，天山支脉那拉提山北麓，位居伊犁河谷中部，四周分别与新源县、尼勒克县、伊宁县、察布查尔锡伯族自治县、特克斯县及巴音郭愣蒙古自治州的和静县相邻。东经81°34′—83°35′、北纬42°54′—43°38′。全县总面积4528平方公里。现辖6镇2乡。“巩留”是建县时拟取的名称，似因巩乃斯河而得名。据民国年间《巩留县志》手抄本所载，巩留县当时辖地广阔，故取“巩吉斯、特克斯塔留”前后二字而命“巩留”，有“巩固长留”之意。哈萨克语作“托古斯塔绕”（意为“九条支流”，寓意众多的河支流），蒙古语、维吾尔语则作“托古斯塔拉”。2019年7月，荣获2019年“中国天然氧吧”创建地区称号。

截至2022年，巩留县辖6个镇、2个乡：巩留镇、库尔德宁镇、吉尔格郎乡、阿尕尔森镇、东买里镇、塔斯托别乡、提克阿热克镇、阿克吐别克镇。