党组书记、副局长赵树海主持局党组全面工作，主抓党的建设、党风廉政建设、维护稳定、脱贫攻坚、扫黑除恶、访惠聚、综合治理、平安建设等方面工作，负责宣传思想、意识形态领域反分裂斗争、精神文明建设、干部队伍建设，主抓河湖长制工作；分管人事教育处、水政水资源处（河长办）；联系直属单位南岸干渠灌区管理处。

党组副书记、副局长阿布都热衣木·阿里木江协助党组书记工作，配合抓党的建设、党风廉政建设工作；主抓农村饮水安全、水利灌溉管理、防汛抗旱、安全生产、扶贫、纠风、民族团结一家亲等方面工作；分管改水防病办公室、防汛抗旱指挥部办公室、水利管理总站、奎屯河水政水资源管理分局；联系直属单位喀什河流域管理处。

党组成员、副局长李新彬协助党组书记工作，主抓水利规划计划、项目前期、工程建设与管理、局机关财务、政府采购、工程招投标、绩效等方面工作；分管办公室、水利水电建设运行与管理处、规划计划处、管理中心；联系直属单位特克斯河流域管理处。

党组成员、调研员陈正达协助党组书记抓党建、党风廉政建设、精神文明建设工作，主抓机关党建、纪检监察、机关效能、作风建设、信访，分管工会、老干、计划生育、妇女工作、水利学会、水利科技、统计、水利信息等工作；分管机关党委、水政监察总队、水土保持处（水土保持监测分站）；联系直属单位巩乃斯河流域管理处。