自治州商务局设6个内设机构：

（一）办公室

负责机关文电、会务、机要、督查、保密、档案、信访、政务公开、后勤保障等日常工作；承担机关及直属单位的组织人事、机构编制、行政审批制度改革、老干部管理等工作；承担机关财务管理、固定资产管理、安全生产、计划生育、综合治理、精神文明建设等工作。

（二）综合处

组织拟订自治州内外贸和国际经济合作的发展战略、规划；跟踪研究区域经济合作、国际贸易投资、沿边开放、现代市场体系和现代流通方式的发展趋势；研究自治州扩大对外开放、内外贸易流通体制改革并就重大问题提出意见和建议；参与拟订促进自治州商务事业发展相关的财税、外汇、价格、金融、保险等政策的实施和建议；负责组织协调并参与自治州商务重大战略问题的研究及重要课题的确定和申报；组织协调和参与国内外重大经贸活动；负责信息、修志、提案办理工作；监测分析商务运行状况，负责统计汇总及综合分析工作；指导商贸行业协会、学会和中介组织工作。

（三）市场秩序处

承担协调整顿和规范市场经济秩序的相关工作；执行国家有关健全、规范市场体系的法规、规章和标准，协调打破市场垄断、行业垄断和地区封锁的有关工作；参与组织打击侵犯知识产权、商业欺诈等工作；推动商务领域信用建设，指导商业信用销售，建立自治州商务领域市场诚信公共服务平台；指导商务领域综合行政执法工作和酒类市场管理工作。

（四）市场建设流通发展处

负责完善自治州市场体系，组织拟定内贸发展规划，指导和协调流通流域专项规划；指导大宗产品批发市场规划和推进各类商品市场建设；推进农村市场和农产品流通体系建设、社区商业体系建设，推进电子商务进农村、进社区相关工作；按有关规定对典当、拍卖、租赁、汽车流通和旧货流通行业进行监督管理；拟订自治州药品流通规划、标准和有关推进政策并组织实施；负责流通行业管理、促进工作，推进商贸流通体制改革，负责推进商贸物流体系建设;指导推进中小微流通企业公共服务体系建设;承担自治州商贸服务业（含餐饮业、住宿业、家政服务）的行业管理工作；推动流通标准化和连锁经营、商业特许经营、物流配送、电子商务等现代流通方式的发展；负责推进再生资源回收、流通领域节能减排工作。

（五）市场运行和消费促进处

监测统计分析国内贸易、消费品市场运行、商品供求状况，进行市场预测预警和信息发布;承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作;承担肉类、食糖、边销茶等重要消费品储备管理和市场调控的相关工作;按照有关规定对成品油流通进行监督管理;指导自治州商务领域消费促进工作;负责自治州茧丝绸流通管理工作。

（六）对外经济贸易处

负责自治州外经贸行业的业务管理和发展；办理企业的对外贸易、经营者备案登记发证工作，负责权限范围内进出口商品许可证、配额招标申报及有关机电产品进出口申报管理工作；负责进出口合同的审批、管理工作，办理外经贸企业出境团组人员的相关外事手续及外商来华商务邀请的申报；指导自治州出口商品基地、出口品牌建设的相关工作；负责对外贸易洽谈会、交易会、展销会工作；指导进出口预警，负责各项外贸政策的学习、宣传、培训工作；贯彻国家有关外资外经的法律法规；参与制订外资外经发展战略和中长期规划；核准权限内外商投资企业合同、章程及其变更事项；申报和管理境外投资项目、驻外机构、国际援助项目和对外承包工程、劳务合作等业务；负责自治州外贸外资外经统计和综合分析工作；协调自治州各类国家级开发区及园区的相关涉外商务事务；负责推动跨境电商和外贸公共服务平台建设工作;负责服务贸易发展、规范服务贸易秩序工作，指导服务贸易标准化体系建设。承担自治州对外开放领导小组办公室日常工作。

纪检组负责机关和直属单位的纪律检查和行政监察工作。