根据职责，自治州国资委设4个内设机构

1、办公室。负责机关文电、信息、保密、档案、信访、财务管理、后勤服务等日常工作；负责机关党群、机构编制、人事和所属企业负责人日常管理等工作；联系所监管企业应急管理、综合治理等工作。

2、产权（股权）管理处。研究提出自治州企业国有资产管理办法和管理制度的意见，拟定国有资产产权界定、登记、划转、处置及产权和纠纷调处等方面的规章制度和管理办法；承担所监管企业国有资产产权界定、登记、划转、处置及产权纠纷调处等工作；承担所监管企业资产评估项目的核准备案；对所监管企业国有资产进行预算管理，对资本收益的使用进行监督；审核所监管企业资本金变动、股权转让及发债方案，监督、规范国有产权交易；参与指导国有企业现代企业制度建设，完善公司治理结构；研究所监管企业合并、股份制改造、上市、合资等重组方案；负责自治州破产改制企业解困暨遗留问题处置工作领导小组办公室的日常工作。

3、统计评价与业绩考核处。负责国有资产的统计和所监管企业财务决算备案工作，建立国有资本金统计信息网络；建立和完善国有资产保值增值考核办法，拟定考核标准；建立和完善企业绩效评价体系并组织实施；拟定所监管企业清产核资的制度、办法，组织清产核资工作；拟定并组织落实资产经营责任制度，研究和完善授权经营制度并对授权企业进行监督；提出业绩合同等企业资产保值目标管理的方法并组织实施；提出国有企业收入分配制度改革的指导意见；拟定所监管企业负责人的薪酬制度的激励方式并组织实施。

4、党建工作处：为自治州工委内设机构，负责自治州企业工委所辖党组织党的建设工作；负责所属党组织发展党员和党员教育管理工作；负责所属党组织精神文明建设工作；指导企业党组织抓好工、青、妇等群团组织的工作。