根据自治州医疗保障局主要职责，内设3个处室。

（一）综合处（人事教育处、离退休干部工作处）。负责机关综合协调、文电会务、机要保密、文书档案、信访受理、督办落实、信息宣传、财务管理、后勤管理等工作；承担政务公开、综合治理、安全生产、民族团结、扶贫帮困、精神文明建设等工作；负责机关和所属事业单位干部人事、机构编制、干部培训教育、干部队伍建设和离退休服务管理等工作；负责人大建议、政协提案答复工作；指导、推进医疗保障信息化建设工作。

（二）基金监管与待遇保障处。拟订贯彻医疗保障基金监督管理办法并组织实施；监督落实医疗保障基金安全防控机制、医疗保障信用评价体系和信息披露制度；监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务，依法查处医疗保障领域违法违规行为；贯彻实施医疗保障筹资及待遇政策和医疗救助制度；执行落实城乡医疗保障待遇标准；统筹推进自治州多层次医疗保障体系建设；建立健全医疗保障关系转移接续制度措施；组织拟订自治州长期护理保险制度改革方案并组织实施；会同相关部门编制医疗保障基金预决算草案；承担医疗保障统计综合管理和分析。

（三）医药服务与价格管理处。监督落实统一的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医保目录、支付标准；拟订贯彻定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算政策的措施并组织实施；承担推进医保支付方式改革工作；贯彻实施药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策，监督落实公立医疗机构服务价格；监督落实药品、医用耗材的招标采购政策；拟订并落实医药价格信息监测和信息发布制度；配合自治区药品、医用耗材招标采购平台建设相关工作。